赤い汚れの原因というのは、恐らく一概には言えませんが赤錆だと思います。
その墓石の成分によって、墓石の種類によって含まれている成分というのは異なります。鉄分を多く含んでいる石は赤くなりやすいですね。
何年何十年もかけて、だんだん経年劣化していく中で赤錆が出てくることもあります。
もう一つの原因としては供え物ですね。鉄分を含むものとか、例えば10円玉だったりとか、その錆が墓石に移ることもあるので、そのあたりはお供えものも鉄分を含まないもの、ましてやお供えものというものは、お墓参りをした後お持ち帰りになられることをお勧めします。
基本的にお参りになられた時にお供え物とか缶だったりとか、そういうものはお持ち帰りになられてください。
残していいものはお花だけ。それがえっとお墓を大切にする秘訣の一つです。